“Υπολογιστική Βιολογία”

Το συγκεκριμένο βιβλίο έχει σκοπό να καλύψει ένα μεγάλο φάσμα θεμάτων των σύγχρονων βιοεπιστημών κάτω από το ενοποιητικό πρίσμα της υπολογιστικής βιολογίας. Στο επίκεντρό του βρίσκονται οι υπολογιστικές προσεγγίσεις σε προβλήματα ανάλυσης βιολογικών δεδομένων και από αυτήν την άποψη η θεματολογία του βρίσκεται στην τομή διαφορετικών ειδικοτήτων με το κύριο βάρος να μοιράζεται μεταξύ των βιοεπιστημών, των μαθηματικών και της στατιστικής και της επιστήμης υπολογιστών.

Η θεματολογία του βιβλίου θα διαρθρωθεί σε 13 κεφάλαια σε αναλογία με τον αντίστοιχο αριθμό εβδομάδων ενός ακαδημαϊκού εξαμήνου. Από αυτά, το πρώτο και το τελευταίο θα περιέχουν τις βασικές εισαγωγικές έννοιες και παραδείγματα εφαρμογής της Υπολογιστικής Βιολογίας αντίστοιχα, ενώ τα ενδιάμεσα 11 θα είναι αφιερωμένα σε συγκεκριμένα βιολογικά προβλήματα. Πιο αναλυτικά, το βιβλίο θα καλύπτει θέματα ανάλυσης αλληλουχιών (γονιδιωματική σύσταση, πρωτοταγής δομή, μοτίβα, στοίχιση πρωτοταγών αλληλουχιών, Κεφ 2-5), μελέτης δευτεροταγούς δομής βιολογικών αλληλουχιών (Κεφ 6), φυλογενετικής ανάλυσης (Κεφ 7), ανάλυσης της γονιδιακής έκφρασης (Κεφ 8-9), μελέτης βιολογικών δικτύων (Κεφ 10), ανάλυσης της γενετικής ποικιλομορφίας (Κεφ 11) και επεξεργασίας βιολογικών δεδομένων μεγάλης κλίμακας (Κεφ 12).

Κάθε κεφάλαιο θα διαρθρώνεται με τρόπο τέτοιο ώστε να καλύπτει τόσο τις βασικές βιολογικές αρχές του υπό μελέτη προβλήματος, όσο και τις μαθηματικές έννοιες και τις υπολογιστικές μεθοδολογίες για την επίλυσή του. Παράλληλα με την ανάπτυξη των θεμάτων θα υπάρχουν μια ή περισσότερες πρακτικές ασκήσεις που σκοπό θα έχουν την εξοικείωση των φοιτητών με τις αντίστοιχες μεθοδολογίες, καθώς ανάμεσα στους στόχους του συγκεκριμένου συγγράμματος είναι να μπορεί να λειτουργήσει ταυτόχρονα και σαν εργαστηριακό εγχειρίδιο. Στο τέλος κάθε κεφαλαίου θα παρατίθενται παραδείγματα εφαρμογών και αναλυτική βιβλιογραφία με υποδείξεις για το επίπεδο στο οποίο ο φοιτητής επιθυμεί να εμβαθύνει τις γνώσεις του σε συγκεκριμένα επιμέρους θέματα.